На третий день около 13:05 в школе произошли взрывы, и позже возник пожар, в результате которого произошло частичное обрушение здания. Заложники начали выбегать из школы, и федеральными силами был предпринят штурм. Во время хаотичной перестрелки, в том числе с участием гражданских лиц, пользовавшихся личным оружием, было убито 28 террористов (один был убит в ходе захвата и еще двое, включая одну из смертниц, погибли в первый день). Единственный пойманный живым террорист, Нурпаши Кулаев, был арестован и впоследствии приговорён к пожизненному заключению.

В итоге, большинство заложников были освобождены в ходе штурма, однако общий счёт потерь в результате теракта составил более 330 человек убитыми, из которых 186 были дети, и свыше 800 человек ранеными.

В день солидарности в борьбе с терроризмом, не только в Беслане, но и по всей стране вспоминают жертв террористических актов, а также сотрудников правоохранительных органов, погибших при выполнении служебного долга.