Родился 15 марта 1920 года в селе Иштеряково Казанской губернии (ныне Тукаевский район, Татарстан) в крестьянской семье.

В 1939 году окончил медицинский техникум в городе Чистополе (Татария). Работал фельдшером в деревне Клярино Камско-Устьинского района.

В Красной Армии с 1939 года. Участник Советско-финской войны и освободительного похода советских войск в Западную Украину и Западную Белоруссию в 1939 году. Член ВКП(б)/КПСС с 1942 года.

На фронте в Великую Отечественную войну с июля 1941 года. В качестве военного фельдшера участвовал в боях на Калининском фронте в составе 259-го стрелкового полка 189-й стрелковой дивизии.

На Сталинградском фронте сражался с врагом в составе 275-го (впоследствии — 58-го гвардейского) кавалерийского полка 112-й (впоследствии — 16-й гвардейской) Башкирской кавалерийской дивизии.

Фельдшер медицинского пункта 58-го гвардейского кавалерийского полка (16-я гвардейская Черниговская кавалерийская дивизия, 7-й гвардейский кавалерийский корпус, 61-я армия, Центральный фронт) гвардии старший лейтенант медицинской службы Николай Якупов во время форсирования реки Днепр у деревни Нивки Брагинского района Гомельской области Белоруссии в ночь на 27 сентября 1943 года сделал на лодке 27 рейсов с раненными и спас жизнь 74-м бойцам и офицерам, кроме этого им были переправлены боеприпасы для сражавшихся на плацдарме.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 15 января 1944 года за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецко-фашистским захватчиками и проявленные при этом мужество и героизм гвардии старшему лейтенанту медицинской службы Якупову Николаю Якуповичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№ 3025).

На 2-м Белорусском фронте при спасении раненых и оказании им помощи на поле боя отважный военфельдшеру не раз угрожала смертельная опасность, но он вышел победителем…

С 1946 года гвардии подполковник медицинской службы Н. Я. Якупов — в запасе. В 1949 году окончил республиканскую партийную школу в Казани. Жил в городе Набережные Челны Республики Татарстан, где до ухода на заслуженный отдых работал заместителем начальника управления треста «Камдорстрой». Скончался 1 февраля 1999 года.