ГДЭБЦ имеет богатую учебную базу. Ботаническая коллекция представлена 684 таксонами растений открытого и закрытого грунтов. Центр является действительным членом Совета ботанических садов Урала и Поволжья при РАН. С зоологической коллекцией ребят знакомит экспозиция "Биосфера", в которой представлены как безпозвоночные (улитки ахатины, палочники, тропиченские тараканы, жуки), так и позвоночные животные (амфибии, рептилии, млекопитающие, птицы).  Учащиеся ГДЭБЦ проводят наблюдения и ведут исследования на учебно-опытном участке, в отапливаемых теплицах в живом уголке в течение всего года. Учебная база развивается, пополняясь новыми видами и активно используется в образовательном процессе, расширяет кругозор детей, растущих в городских условиях, способствует формированию у них гуманного отношения к животным, любви к природе, развитию познавательного интереса к окружающему миру.