Называется он так в честь апостола Андрея, который был распят на кресте подобной формы.

Легенда гласит следующее: "Король Ангус II, возглавлявший войско пиктов и скоттов, перед битвой с англами, которых возглавлял Этельстан, в ночь перед битвой молился Богу о даровании победы на поле брани, и дал обет, что в случае победы объявит святого апостола Андрея Первозванного покровителем Шотландии. Утром облака над полем битвы образовали на голубом небе букву «Х», повторяющую форму креста, на котором в 70 году в греческом городе Патры был распят святой апостол Андрей Первозванный. Пикты и скотты воодушевились этим божественным предзнаменованием, а англов охватил трепет. В результате войско Ангуса II, уступавшее по численности войску англов, одержало победу в битве и святой апостол Андрей Первозванный был провозглашён святым покровителем Шотландии".

А в России этот флаг появился в официальном качестве в 17 веке, когда Пётр учредил орден Андрея Первозванного, а вместе с ним принял и знамя.