Управление центром осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации и с учётом особенностей, установленных Федеральным законом от 29.12.2012 г. № 273-ФЗ (в ред. от 23.07.2013 г.) «Об образовании в Российской Федерации».

Управление осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. Единоличным исполнительным органом центра является руководитель (директор МБУ ДО «Центр детских и юношеских компетенций «Менделеевская долина» ММР РТ Кашипов Ильшат Габдельфатович), который осуществляет текущее руководство деятельностью центра.

Формами самоуправления Центра являются:

- Педагогический совет Центра (Председатель Кашипов Ильшат Габдельфатович, директор МБУ ДО «Центр детских и юношеских компетенций «Менделеевская долина», место нахождения - здание МБУ ДО «Центр детских и юношеских компетенций «Менделеевская долина» по адресу г. Менделеевск, ул. Габдуллы Тукая, д. 12 п. 1000). Положение о педагогическом Совете МБУ ДО «Центр детских и юношеских компетенций «Менделеевская долина»;

- Общее собрание коллектива Центра (Председатель Колпакова Анастасия Николаевна,заместитель директора МБУ ДО «Центр детских и юношеских компетенций «Менделеевская долина», место нахождения - здание МБУ ДО «Центр детских и юношеских компетенций «Менделеевская долина» по адресу г. Менделеевск, ул. Габдуллы Тукая, д. 12, п. 1000). Положение об Общем собрании работников МБУ ДО «Центр детских и юношеских компетенций «Менделеевская долина»

В целях учета их мнения по вопросам Управления Центром в Центре создаются и действуют Совет родителей, Совет учащихся. Мнение Совета родителей, Совета учащихся учитывается при принятии Центром локальных нормативных актов, затрагивающих права и законные интересы обучающихся, а также при выборе меры дисциплинарного взыскания, налагаемого на обучающегося.

Совет родителей - председатель Мирзоева Фотима Хушвахтовна, родительница, место нахождения - здание МБУ ДО "ЦДТ" по адресу г. Менделеевск, ул. Габдуллы Тукая, д. 12, п. 1000. Положение Совета родителей МБУ ДО «Центр детских и юношеских компетенций «Менделеевская долина»

Совет учащихся - председатель Саидова Амина Салимджоновна, ученица, место нахождения - здание МБУ ДО "ЦДТ" по адресу г. Менделеевск, ул. Габдуллы Тукая, д. 12, п. 1000. Положение Совета учащихся МБУ ДО «Центр детских и юношеских компетенций «Менделеевская долина»

Структура, порядок формирования, срок полномочий и компетенция органов управления, порядок принятия ими решений устанавливаются законодательством Российской Федерации, Уставом МБУ ДО «Центр детских и юношеских компетенций «Менделеевская долина» Менделеевского муниципального района РТ и локальными нормативными актами об органах управления.